Das Fach Geschichte wird am Gymnasium Martinum in der Sekundarstufe I in den Klassen 6, 7, 9 und 10 unterrichtet. Klasse 6 umfasst dabei inhaltlich die Großepoche der Antike, die Klasse 7 das Mittelalter, die frühe Neuzeit und Aufklärung sowie die Frz. Revolution. In der Klasse 9 werden das 19. und 20. Jahrhundert behandelt; Klasse 10 beschäftigt sich mit der Nachkriegsgeschichte. Exkursionen zu aktuellen Ausstellungen über historische Ereignisse und Entwicklungen runden den Geschichtsunterricht ab. Fester Bestandteil ist in diesem Zusammenhang eine Fahrt zu einer Gedenkstätte für die Opfer des Nationalsozialismus in Klasse 9: Die ehemaligen Gestapohauptquartiere in Köln und Dortmund, der Augustaschacht, die Wewelsburg, die Villa Ten Hompel in Münster oder die Dokumentation der Emslandlager in Papenburg wurden bislang besichtigt. 

Die Einführungsphase der Sekundarstufe II vertieft exemplarisch das methodische Arbeiten im Fach Geschichte. Eine Auseinandersetzung mit Menschenbild und Menschenrechten in der Antike und der Neuzeit sowie ein Vergleich der amerikanischen und französischen Revolution bilden die thematischen Schwerpunkte der Einführungsphase, die durch eine Arbeit mit interkulturellem Schwerpunkt zum Thema Islam und Christentum im Mittelalter und der Neuzeit ergänzt wird. 

Des Weiteren sind die inhaltlichen Schwerpunkte der Qualifikationsphase durch die Vorgaben des Zentralabiturs festgelegt. Abgerundet wird die Besprechung dieser Themen durch einen Workshop für den Leistungskurs in Berlin zum Thema „Das Leben der Anderen“, der in Zusammenarbeit mit dem Franz-Hitze-Haus in Münster die Geschichte und den Untergang der DDR bespricht. Zeitzeugenbefragungen, soweit möglich, zu den Themenbereichen des Nationalsozialismus und der Nachkriegszeit werden in die Unterrichtsarbeit integriert.